1 - Ao conselho directivo compete, no âmbito da gestão geral:
a) Definir as directrizes que devem orientar a organização e funcionamento do Instituto, com vista à prossecução das suas atribuições;
b) Aprovar os regulamentos internos do Instituto e das delegações de Lisboa, Porto e Coimbra;
c) Coordenar e supervisionar a actividade das delegações de Lisboa, Porto e Coimbra, dos gabinetes médico-legais e dos médicos contratados para o exercício de funções periciais;
d) Gerir os recursos humanos, financeiros e patrimoniais do Instituto;
e) Aprovar o plano e o relatório anual de actividades;
f) Aprovar o relatório da gestão financeira, bem como a conta de gerência, a submeter ao Tribunal de Contas;
g) Assegurar a elaboração do orçamento anual do Instituto e submetê-lo à aprovação da tutela e bem assim a respectiva execução;
h) Autorizar a restituição das importâncias indevidamente arrecadadas, bem como a reposição dos dinheiros públicos, nos termos da lei;
i) Assegurar a regularidade da cobrança das receitas e a legalidade da realização de despesas;
j) Aceitar heranças, legados e doações;
k) Contratar com terceiros a prestação de serviços de apoio ao Instituto, com vista ao adequado desempenho das suas atribuições;
l) Nomear os directores das delegações de Lisboa, Porto e Coimbra;
m) Nomear os membros do Conselho Médico-Legal, ouvido o conselho científico da universidade pública de onde os mesmos sejam originários, bem como fixar a tabela de remunerações devidas pelos pareceres elaborados por aqueles;
n) Indicar os representantes portugueses em comissões e grupos comunitários no âmbito da actividade médico-legal;
o) Nomear os coordenadores dos gabinetes médico-legais, sob proposta dos directores das respectivas delegações;
p) Nomear os directores do internato complementar de medicina legal, ouvido o Conselho Nacional do Internato Complementar de Medicina Legal nas respectivas delegações, sob proposta dos directores das delegações;
q) Exercer o poder disciplinar, nos termos da lei.
2 - Compete-lhe ainda:
a) Celebrar com as instituições de saúde e outras entidades públicas ou privadas, nacionais ou estrangeiras, protocolos de cooperação visando a colaboração e a utilização dos recursos humanos, técnicos ou materiais indispensáveis à celeridade, qualidade e segurança dos exames e das perícias médico-legais;
b) Definir o número de médicos a contratar para o exercício de funções periciais, nos gabinetes médico-legais e nas comarcas, procedendo à abertura de concursos e à sua selecção;
c) Definir o âmbito territorial da actuação dos gabinetes médico-legais;
d) Fixar anualmente o número de vagas de médicos do internato complementar de medicina legal, sob proposta do Conselho Nacional do Internato Complementar de Medicina Legal;
e) Conferir os diplomas relativos à obtenção do grau de especialista de medicina legal, sob proposta do Conselho Nacional do Internato Complementar de Medicina Legal;
f) Certificar, sob proposta do Conselho Nacional do Internato Complementar de Medicina Legal, ouvida a Ordem dos Médicos, a idoneidade dos serviços das delegações do Instituto e de outros serviços onde possam ocorrer os estágios, bem como definir o mapa de capacidades formativas;
g) Autorizar o plano anual de formação a realizar pelo Instituto ou com o seu apoio;
h) Conceder apoio financeiro a projectos de investigação e acções de formação, bem como conceder bolsas de estudo e atribuir prémios científicos, permanentes ou eventuais, nos diversos domínios da medicina legal e de outras ciências forenses.
3 - O conselho directivo pode delegar no presidente e nos vice-presidentes a prática de actos da sua competência, bem como cometer-lhes a gestão de áreas funcionais de actividade do Instituto.

  Redacção dada pelo seguinte diploma:  Decreto-Lei n.º 96/2001, de 26 de Março