À Secção de Contabilidade incumbe:
a) Elaborar a proposta de orçamento e executar o processamento, a escrituração, a liquidação e o pagamento das despesas;
b) Elaborar os instrumentos de avaliação e controlo da execução orçamental;
c) Contabilizar as verbas afectas ao funcionamento dos serviços;
d) Elaborar a conta de gerência;
e) Movimentar e contabilizar os fundos permanentes;
f) Escriturar os livros de conta corrente;
g) Preparar propostas de transferência e reforço de verbas e de autorização de duodécimos;
h) Elaborar relatórios de acompanhamento da execução orçamental;
i) Processar as ajudas de custo e outros abonos não sujeitos a processamento automático;
j) Elaborar as relações e declarações para efeitos de imposto sobre o rendimento;
l) Fazer o movimento relativo à ADSE e aos Serviços Sociais do Ministério da Justiça;
m) Executar as demais tarefas relativas ao orçamento e contabilidade.

  Redacção dada pelo seguinte diploma:  Decreto-Lei n.º 333/99, de 20 de Agosto