A Polícia Judiciária Militar é dirigida por um director, equiparado a director-geral, ao qual compete, em geral, exercer as competências que lhe são conferidas por lei e em especial:
a) Orientar e coordenar superiormente a Polícia Judiciária Militar;
b) Orientar a elaboração do orçamento da Polícia Judiciária Militar e dirigir a sua execução;
c) Propor ao Ministro as medidas adequadas ao funcionamento dos serviços e prestar as informações e os pareceres que aquele lhe solicitar;
d) Apresentar ao Ministro, até 31 de Março de cada ano, o relatório anual da Polícia Judiciária Militar;
e) Corresponder-se directamente com quaisquer entidades, em matérias do interesse da Polícia Judiciária Militar;
f) Prestar as informações de serviço do pessoal militar e homologar as do pessoal civil.

  Redacção dada pelo seguinte diploma:  Decreto-Lei n.º 200/2001, de 13 de Julho